Acquisision d'images
 
Les lames hybridées sont numérisées par un scanner GenePix 4000B (Axon Instruments) et une image en fausses couleurs représentant la fluorescence émise par les fluorochromes est générée. Conventionnellement, la couleur rouge est attribuée à la fluorescence émise par Cy5 et la couleur verte est attribuée à la fluorescence du Cy3. Pour tous les spots, la moyenne et la médiane des intensités du signal sont déterminées grâce au logiciel GenePix Pro6 fourni avec le scanner, ainsi que la moyenne et la médiane du bruit de fond correspondant à chaque spot.
Scanner GenePix 4000B
Interface du logiciel GenePix Pro6
 
Analyse d'images
 
Sur chaque image une grille est positionnée pour localiser et identifier les spots. Le logiciel permet l'adaptation de la grille sur les spots circulaires, rectangulaires ou irréguliers.
Détail d'une image de biopuce à ADN
Adaptation de la grille sur les spots irréguliers
 
Labellisation des spots artefactuels
Un label sous forme d'une barre est donné automatiquement aux spots non hybridés. Un label à deux barres peut être manuellement positionné pour les spots estimés artefactuels par l'utilisateur.
 
Transformation de l'image en valeurs numériques
 
GenePix Pro6 convertit l'image en valeurs numériques pour que la position de chaque spot, son identifiant, la fluorescence émise par le fluorochrome Cy5 (F635) et par Cy3 (F532), le bruit de fond correspondant aux deux longueurs d'onde ainsi que des informations sur le label (flag) attribué aux spots, soit regroupés dans un tableau unique.
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